A historia do Município está lastreada na história do Poeta Castro Alves e de sua família. Por volta de 1840, o Tenente Coronel José Antonio da Silva, avô de Castro Alves, mandou construir uma fazenda na freguesia de Muritiba titulada de Fazenda Cabaceiras nas terras que rodeavam a casa. Em 1843, veio morar na fazenda o casa. Dr. Antonio José Alves, doutor em medicina e D. Clélia Brasília da Silva Castro, dona de casa. Em 1847 neste local, nasceu Antonio Frederico de Castro Alves, o Cecéu, como era chamado pela família e amigos do Poeta; era o segundo dos seis irmãos.
Com o passar dos anos, a feira de Cabaceiras foi atraindo compradores de outras regiões, fato que ajudou o povoado a crescer passando à condição de Distrito em 1953, pela Lei Municipal nº 628, sancionada pelo Município de Muritiba ao qual pertencia.
A luta pela autonomia política da população cabaceirense, durou aproximadamente 36 anos, quando o povoado de Cabaceiras se tornou distrito, até 13 de junho de 1989, quando através da Lei Municipal nº 5010 elevas-se a categoria de Município, conquistando a tão sonhada liberdade política.
O Município denominado de Cabaceiras do Paraguaçu, teve a partir de sua emancipação os seguintes prefeitos:
Aurino Machado Filho (1990 – 1992);
Antonio Martins Gonçalves (1993 – 1994);
Heraldo Gomes da Silva (1995 – 1996), eleito vice-prefeito, tendo que assumir o cargo, por motivo de morte do titular do executivo municipal (Antonio Martins);
Aurino Machado Filho (1997 – 2000);
Heraldo Gomes Santana (2001-2004);
João Batista Gomes Santana (2005-2008)
Romildes Oliveira Rios Machado (2009-2012) - Atual Prefeita.
